A 2004-es esztendőben ünnepélyes keretek között került sor a János Zsigmond Unitárius Kollégium címerének avatására.
A heraldikai szabályok értelmében a piros–kék alapú pajzsot a Szamos folyó stilizált hullámvonalai választják el, ezzel megjelölik a kollégium helyszínét, Kolozsvárt. A Nap és a Hold a magyarság és a székelység, a penna és a könyv a tudás jelképei – ezek díszítik a felső részt, az alsó félben az unitárius címerből átvett jézusi jelmondat: ”Legyetek okosak mint a kígyok, és szelídek mint a galambok” található. Isten, a történelem Ura előtt értékes jelkép a szelíd, öntudatos galamb, melyet a kígyó bölcsessége ölel körül.
A címer az ősi kollégiumi jelmondaton nyugszik: MUSIS ET VIRTUTIBUS (Múzsák és erények), amely követendő példa minden kor kollégistái számára.
A címert Felházi Ágnes képzőművész, a kollégium volt tanára tervezte.